N6-Metiladenozin Modifikasyonunun mRNA Üzerindeki Etkisi
Ali Aslan - Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Biruni Üniversitesi
N6 -Metiladenozin(m6A), mRNA üzerinde çeşitli değişiklikler meydana getiren oldukça yaygın bir modifikasyon türüdür. Metiladenozin, ökaryotik transkriptom üzerinde mRNA’nın transkripsiyon sürecini, splicing, translasyon aşamalarını ve gerektiğinde mRNA bozulmasını sağlar.[1] Özellikle transkripsiyon sonrası modifikasyonlarda genlerin düzenlenmesinde rol oynar. Yapılan çalışmalarda, 150’ye yakın transkripsiyon sonrası modifikasyonlarla ilişkili mRNA, tRNA, rRNA ve kodlanmayan RNA(ncRNA) gibi çeşitli RNA türleri olduğu görülmüştür.[2-4]
Metiladenozinin keşfedilmesi 1970’lere kadar dayansa da RNA sekanslama tekniklerinin geliştirilmesi ve proteinlerin ayrıntılı analizleri ile birlikte son yıllarda tekrardan ayrıntılı bir şekilde incelenmeye başlanmıştır.[5,6] Araştırmacılar bu modifikasyon türünü memeli hücrelerinde keşfettiler. Çeşitli memeli hücrelerinde mRNA’da ifade edilen bu modifikasyon, mRNA’nın splice edilmesinde, translasyon faaliyeti için çekirdek dışına taşınma sürecinde ve translasyon süreci esnasında kritik roller üstlenmektedir.[7] Ayrıca bu modifikasyonun spermatogenez, nörogenez gibi süreçlerde de rol aldığı bilinmektedir.[8,9] Her ne kadar moleküler düzeyde hayati öneme sahip işlevlerde rol alsa da, sürecin bozulması ile beraber kanser oluşumuna da katkısı olduğu görülmüştür.[10-12] Metiladenozin’in mRNA üzerindeki konumuna bakıldığında özellikle translasyon durdurma kodonu çevresinde ve 3’ çevrilmemiş bölgede(UTR) yoğun olduğu görülmektedir.[13-15] Ortalama olarak her 1000 nükleotitte 1-2 adet m6A yapısı bulunmaktadır.[16,17] “RRACH” dizilerinde daha çok meydana geldiği görülmüştür. Burada R Adenin(A) ya da Guanin(G)’e, H, A, C ya da Urasil(U)’e denk gelmektedir.[18,19]
Metiladenozin modifikasyonu hakkında yapılan araştırmalarda elde edilen bulgulara göre bu sistem, dinamik ve tersinmez bir sistemdir. Ayrıca bu sistemin yürütülmesinde görev alan bazı protein grupları mevcuttur. Bu protein grupları işlevlerine göre, “yazıcılar”, “siliciler” ve “okuyucular” olarak ayrılmaktadır.
Yazıcılar diğer adlarıyla metiltransferazlar olarak bilinen proteinler, mRNA üzerindeki belirli bölgeleri metilleme rolünü üstlenir.[21] Siliciler olarak adlandırılan gruplar ise demetilaz proteinleridir. Bu grup, belli bölgelerdeki metil gruplarının kaldırılmasında rol oynarlar.[22] Bu grup proteinler bir araya gelip kompleks yapılar oluşturabilirler. Bu komplekslere örnek olarak yazıcılar grubunda yer alan Metiltransferaz benzeri protein 3(METTL3) ve Metiltransferaz benzeri protein 14(METTL14)’ün oluşturmuş olduğu m6A –METTL kompleksidir(MAC). Bu kompleksin işlevleri arasında DRACH (burada D = A, G veya U; R = purin; ve H = A, C veya U) motifini tanıma ve transkripsiyon sürecini hızlandırma yer almaktadır.[23] Başka bir kompleks yapısı da METTL3’ün METTL14, Wilms Tümörü 1 ilişkili protein(WTAP), Metiltransferaz ilişkili Vir benzeri m6A(VIRMA), RNA bağlanma motifi 15(RBM15) ve çinko parmak CCCH tipi içeren 13(ZC3H13) gibi diğer yardımcı alt birimlerle oluşturduğu Metiltransferaz kompleksidir(MTC).[24] Bu protein kompleksinin içerisinde bulunan proteinlerin her birinin farklı görevleri vardır. METTL3, METTL14 ile birleşerek stabil bir kompleksin oluşmasını sağlar.[25-27]WTAP ise, METTL3-METTL14 heterodimerinin nükleer noktada lokalizasyonunu sağlar ve katalitik etkinliği destekler.[28,29]
Yazıcılar kısmına detaylıca değinilecek olursa, METTL3, translasyon sonrası modifikasyonlarda hedef mRNA’nın düzenlenmesinde kısmi olarak okuyucu görevi de üstlenir. Ayrıca METTL3, kendini yenileme ile ilişkili olan p21 ve Nr4a2 gibi genlerin ifadesini etkinleştirerek hematopoetik kök hücrelerin(HSC) kendini yenileme özelliği kazanmasını sağlar.[31-33] METTL3’ün yeterli düzeyde etkinleşmemesi, HSC’nin bu özelliğinin büyük ölçüde bastırılmasına neden olur.[34]
Histon H3 lizin trimetilasyonu(H3K36me3), METTL14’ün m6A ifadesini tanıyıp bağlanmasını sağlar. METTL14’ün diğer bir görevi, metiltransferaz kompleksinin(MTC) RNA Polimeraz II’ye bağlanmasını sağlamaktır, bu sayede MTC’yi kopyalanmış olan etkin RNA’lara bağlamış olur.[35] Ayrıca METTL14’ün HSC’ler üzerinde de etkisi olduğu düşünülmektedir. Yapılan araştırmalarda, METTL14’ün Epstein-Barr virüsü(EBV) tarafından enfekte edilen hücrelerin proliferasyonunda görev aldığı görülmüştür. METTL14, EBV’ye özgü bir antijen olan EBNA3C üzerinde m6A’yı indükleyerek kanser oluşumuna neden olur. Bu sayede METTL14, EBNA3C’nin ifadesini arttırmasına ve kararlı hale gelmesine yardımcı olur. İlginç bir şekilde EBNA3C de METTL14’ün kararlı yapıda olmasına yardımcı olmaktadır.[36]
Diğer bir Metiltransferaz üyesi olan METTL16, uzun kodlanmayan RNA’ların ve U6 küçük nükleer RNA’nın metillenmesinden sorumludur.[37] Ayrıca METTL16, DNA ve histon metilasyonunda önemli bir rolü olan S-adenozilmetiyonin(SAM)’i düzenler. SAM’ın sentezlenmesi MAT2A tarafından sağlanmaktadır. SAM’ın eksikliğinde METTL16, intronların splice edilmesini sağlayarak MAT2A ve SAM’in ifadesinin artmasını sağlamaktadır.[38]
Bir METTL3 adaptör proteini olan WTAP, herhangi bir biyokimyasal işlev olmaksızın mRNA splicing’e katılmaktadır. Ayrıca WTAP’ın hücre döngüsünde ve erken embriyo gelişiminde rol oynadığı bilinmektedir.[39,40] WTAP-METTL3 kompleksinin oluşumu m6A modifikasyonu için gereklidir.
Yapılan proteomik analizlerde VIRMA’nın WTAP’ın en önemli interaktörlerinden biri olduğunu ortaya çıkardı.[41] Memeli hücrelerindeki VIRMA eksikliği m6A’nın belirgin ölçüde kaybına yol açmaktadır. VIRMA, spesifik bölünme ve poliadenilasyon spesifite faktörlerini (CPSF5, CPSF6) bir araya getirerek daha uzun 3′ UTR bölgesi oluşumunu sağlar.[42]
WTAP’ın VIRMA dışında başka interaktörleri de olduğu ortaya çıkarıldı. Metilasyondan sorumlu olan RBM15/RBM15B, METTL3 ile etkileşim kurarak m6A’nın etkinleşmesini sağlamaktadır. RBM15/RBM15B’nin knock-out edilmesi mRNA’da m6A’nın azalmasına yol açmaktadır.[43] Diğer yazıcı bileşenleri de aynı şekilde m6A modifikasyonunun gerçekleşmesinde rol oynamaktadır.
Siliciler ise yazıcıların aksine m6A’yı kaldırarak demetilasyonun oluşmasını sağlarlar.[44] Her ne kadar erken m6A incelemeleri, m6A silicilerinin, dinamik, hızlı, sinyale bağlı bir şekilde kaldırılmasını katalize ederek m6A işlevi için kritik olması gerektiğini öne sürse de son yapılan çalışmalar, m6A silicilerinin kısıtlı işlevleri olduğunu gösterdi. Ayrıca yapılan bir çalışmada HeLa hücrelerinin yaşam döngüsünde mRNA üzerindeki m6A düzeylerinin durağan olduğu görüldü.[45,46]
Siliciler de yazıcılar gibi çeşitli türde protein grupları içermektedir. Yağ kütlesi ve obezite ilişkili protein (FTO), Fe(II)/α-ketoglutarat bağımlı dioksijenazların, AlkB alt ailesinin bir üyesidir.[47] FTO, Serin ve Arjinince zengin splicing faktör 2(SRSF2)’nin splice bölgesine bağlanmasını engelleyerek mRNA splicing’i kontrol eder.[48] Araştırmada, FTO’nun m6A modifikasyonunda α-ketoglutarat’ı demetilleyerek RNA demetilasyonunu ve Fe2+ bağımlı süreçleri katalizlediği görülmüştür.[49-52] FTO, siklin A2 ve siklin bağımlı kinaz 2’de(CDK2) m6A düzeylerini düşürerek YTHDF2 aracılı mRNA yıkımını durdurur. Böylece yağ hücre döngüsüne ve adipogeneze katkıda bulunur.[53] Ayrıca, FTO’nun akut myeloid lösemide onkojenik rolü olduğu da bilinmektedir.
α-ketoglutarat bağımlı dioksijenaz Alk B homolog 5(ALKBH5), demetilaz proteini diğer silici proteinler gibi mRNA üzerinde çeşitli bölgelerde metilasyon kaldırma işlevini üstlenmektedir. Fare modelleriyle yapılan bir çalışmada, ALKBH5 eksikliğinde tübüler mRNA’da m6A modifikasyonunun seviyesinin arttığı ve sonuç olarak da farelerde testis atrofisiyle birlikte sperm sayılarında azalma görüldüğü bildirilmiştir.[55] Bu çalışma, ALKBH5’in spermatogenezde rol oynadığını ve demetilasyon yoluyla spermatogenezi düzenlediğini göstermiştir. Genotoksik stres varlığı ya da hipoksi uyarımı gibi durumlarda ALKBH5, protein arjinin metiltransferaz(PRMT7) tarafından düzenlenir. Bu da ALKBH5’in farklı biyolojik süreçlerde geniş bir rol oynadığını göstermektedir.[56,57]
Metiladenozin modifikasyonlarının son protein grubu olan okuyucular, mRNA’nın gidişatını belirlemek ve kontrol etmek için m6A bölgelerine bağlanırlar.[59] YTH alanı ailesi, kendi içerisinde farklı görevlere sahip okuyucu proteinleri barındırır. YTHDF1, başlatıcı faktörlerle etkileşim kurarak protein sentezini ve mRNA translasyonunu geliştirir.[60] YTHDF2 ise m6A tarafından modifiye edilmiş mRNA bölgesine bağlanarak mRNA yıkımını sağlar.[61] Diğer bir YTH alanı ailesi üyesi olan YTHDF3, hem negatif hem pozitif düzenlemelerde rol oynayarak çift yönlü çalışmaktadır. RNA translasyonunun geliştirilmesinde YTHDF1 ile etkileşime girer. YTHDF3, aynı zamanda YTHDF2 ile birlikte mRNA yıkımını sağlamaktadır.[62,63]
YTH alanı ailesi üyelerinin diğer etkilerine bakıldığında, YTHDF1 tümör neoantijenleriyle yakın bir ilişkisi vardır. Tümör antijenleri, anti-tümör immün yanıtını düzenlemede ve immünoterapide rol oynamaktadır. YTHDF1, dendritik hücrelerde bulunan neoantijenlerin m6A modifikasyonunu tanıyarak lizozomal proteazlar tarafından yıkılmasını engeller. Bu sayede tümör antijenlerin T hücrelerine sunan dendritik hücrelerin etkinliği bastırılmış olur ve tümör antijenleri immün gözetiminden kaçmış olur.[64] YTHDF2, mRNA deadenilasyonunda ve bozulmasında rol oynar. Ayrıca, YTHDF2, Isıya duyarlı protein(HRSP2) ve RNaz P/MRP ile kompleks oluşturarak m6A ile metillenmiş RNA endoribonükleolitik ayrılmaya aracılık eder. YTHDF2’nin miRNA ile de etkileşim kurduğu bilinmektedir. Bir araştırmada Prostat kanserinde YTHDF2 ifadesi miR-493-3p tarafından baskılanarak hücre proliferasyonunun ve hücre göçünün bozulması sağlanmıştır.
Diğer bir YTH alanı ailesi olan YTHDC’ler de m6A modifikasyonunda okuyucu olarak rol oynamaktadır. YTHDC1, kodlanmayan RNA(ncRNA) üzerinde m6A bölgelerine bağlanarak ncRNA’nın splice edilmesini ve çekirdek dışına çıkarımını sağlar. Ayrıca YTHDC1, X inaktif spesifik transkript(XIST) adı verilen ncRNA ile de etkileşim halindedir. YTHDC1, XIST üzerindeki m6A’yı tanır ve XIST’in işlevini düzenler.[66] YTHDC2 ise mRNA yıkımında ve translasyonun başlangıcında görev alan bir m6A okuyucu proteinidir. YTHDC2, hem çekirdekte hem de sitozolde bulunmaktadır. YTHDC2’nin diğer bir işlevi 3’den 5’e RNA helikaz etkinliğinde RNA indüklü ATPaz olarak görev almasıdır.[67,68]
IGF2BP1, IGF2BP2 ve IGF2BP3 okuyucu proteinleri mRNA’nın kararlı halde kalmasını sağlar. Ayrıca bu okuyucu proteinlerin kanser oluşumunda ve otofajik süreçlerle ilgili olduğu bilinmektedir.[69]
Diğer başka bir okuyucu protein olan EIF3, özelleşmiş translasyonun başlatılmasından sorumludur. EIF3, mRNA’nın 5-Cap bölgesine bağlanarak translasyon başlatıcı komplekslerin bir araya gelmesine yardımcı olur. Yapılan araştırmalarda, EIF3’ün kolorektal kanser türü ile ilişkili olduğu bulunmuştur. EIF3’ün knock-down edilmesi otofajinin oluşmasını sağlamaktadır.[70,71] Başka bir kanser türü olan baş ve boyun skuamöz hücre karsinomunda ATP bağımlı bir RNA helikaz enzimi olan DDX3, Cap bağlanma kompleksinin mRNA ile etkileşimini sağlar ve EIF3 alımını hızlandırır. Bu sayede metastatik kanser ilişkili gen ifadesine katkıda bulunur.[72]
Referanslar
1. Wang, Y. & Zhao, J. C. Update: mechanisms underlying N6-methyladenosine modification of eukaryotic mRNA. Trends Genet. 32, 763–773 (2016).
2. Helm, M. and Motorin, Y. (2017) Detecting RNA modifications in the epitranscriptome: predict and validate. Nat. Rev. Genet. 18,275–291
3. Boccaletto, P. et al. (2018) MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update. Nucleic Acids Res. 46,D303–D307
4. Nachtergaele, S. and He, C. (2018) Chemical modifications in the life of an mRNA transcript. Annu. Rev. Genet. 52,349–372
5. Meyer, K.D. et al. (2012) Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons. Cell 149, 1635–1646
6. Dominissini, D. et al. (2012) Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature 485,201–206
7. Lee, Y., Choe, J., Park, O. H., & Kim, Y. K. (2020). Molecular Mechanisms Driving mRNA Degradation by m6A Modification. Trends in Genetics. doi:10.1016/j.tig.2019.12.007
8. Lin, Z. et al. (2017) Mettl3-/Mettl14-mediated mRNA N6-methyladenosine modulates murine spermatogenesis. Cell Res. 27, 1216–1230
9. Yoon, K.J. et al. (2017) Temporal control of mammalian cortical neurogenesis by m6A methylation. Cell 171, 877–889.e817
10. Barbieri, I. et al. (2017) Promoter-bound METTL3 maintains myeloid leukaemia by m6A-dependent translation control. Nature 552, 126–131
11. Choe, J. et al. (2018) mRNA circularization by METTL3-eIF3h enhances translation and promotes oncogenesis. Nature 561,556–560
12. Lin, S. et al. (2016) The m6A methyltransferase METTL3 promotes translation in human cancer cells. Mol. Cell 62, 335–345
13. Meyer, K.D. et al. (2012) Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons.Cell 149, 1635–1646
14. Dominissini, D. et al. (2012) Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature 485,201–206
15. Linder, B. et al. (2015) Single-nucleotide-resolution mapping of m6A and m6Am throughout the transcriptome. Nat. Methods 12, 767–772
16. Krug RM, Morgan MA, Shatkin AJ. Influenza viral mRNA contains internal N6-methyladenosine and 5′-terminal 7-methylguanosine in cap structures. J Virol. 1976;20:45–53.
17. Beemon K, Keith J. Localization of N6-methyladenosine in the Rous sarcoma virus genome. J Mol Biol. 1977;113:165–79.
18. Bokar JA, Shambaugh ME, Polayes D, Matera AG, Rottman FM. Purification and cDNA cloning of the AdoMet-binding subunit of the human mRNA(N6-adenosine)-methyltransferase. Rna. 1997;3:1233–47.
19. Wei CM, Moss B. Nucleotide sequences at the N6-methyladenosine sites of HeLa cell messenger ribonucleic acid. Biochemistry. 1977;16:1672–6.
20. Zaccara, S., Ries, R.J. & Jaffrey, S.R. Reading, writing and erasing mRNA methylation. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 608–624 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0168-5
21. Scholler, E. et al. (2018) Interactions, localization, and phosphorylation of the m6A generating METTL3–METTL14–WTAP complex.RNA 24, 499–512
22. Jia, G. et al. (2011) N6-Methyladenosine in nuclear RNA is a major substrate of the obesity-associated FTO. Nat. Chem.Biol. 7, 885–887
23. Liu,J., Yue,Y., Han,D., Wang,X., Fu,Y., Zhang,L., Jia,G., Yu,M., Lu,Z., Deng,X. et al. (2014) A METTL3-METTL14 complex mediates mammalian nuclear RNA N6-adenosine methylation. Nat. Chem. Biol., 10, 93–95
24. Lence, T. et al. (2019) Mechanistic insights into m6A RNA enzymes.Biochim. Biophys. Acta 1862, 222–229
25. Scholler, E. et al. (2018) Interactions, localization, and phosphorylation of the m6A generating METTL3–METTL14–WTAP complex.RNA 24, 499–512
26. Sledz, P. and Jinek, M. (2016) Structural insights into the molecular mechanism of the m6A writer complex. eLife 5, e18434
27. Wang, P. et al. (2016) Structural basis for cooperative function of Mettl3 and Mettl14 methyltransferases. Mol. Cell 63, 306–317
28. Ping X-L, Sun B-F, Wang L, Xiao W, Yang X, Wang W-J, Adhikari S, Shi Y, Lv Y, Chen Y-S et al. (2014)Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA N6-methyladenosine methyltransferase. Cell Res 24, 177–189.
29. Liu J, Yue Y, Han D, Wang X, Fu Y, Zhang L, Jia G, Yu M, Lu Z, Deng X et al. (2014) A METTL3–METTL14 complex mediates mammalian nuclear RNA N6-adenosine methylation. Nat Chem Biol 10,93–95.
30. Zaccara, S., Ries, R.J. & Jaffrey, S.R. Reading, writing and erasing mRNA methylation. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 608–624 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0168-5
31. Li, Q. et al. (2017) NSUN2-mediated m5C methylation andMETTL3/METTL14-mediated m6A methylation cooperatively enhance p21 translation. J. Cell. Biochem. 118,2587–2598
32. Yao QJ, Sang L, Lin M, Yin X, Dong W, Gong Y, Zhou BO: Mettl3-Mettl14 methyltransferase complex regulates the quiescence of adult hematopoietic stem cells. Cell Res. 28. England2018: 952–954
33. Gao Y, Vasic R, Song Y, Teng R, Liu C, Gbyli R, Biancon G, Nelakanti R, Lobben K, Kudo E, Liu W, Ardasheva A, Fu X, Wang X, Joshi P, Lee V, Dura B, Viero G, Iwasaki A, Fan R, Xiao A, Flavell RA, Li HB, Tebaldi T, Halene S. m6A Modification Prevents Formation of Endogenous Double-Stranded RNAs and Deleterious Innate Immune Responses during Hematopoietic Development. Immunity. 2020 Jun 16;52(6):1007-1021.e8. doi: 10.1016/j.immuni.2020.05.003.
34. Lee H, Bao S, Qian Y, Geula S, Leslie J, Zhang C, Hanna JH, Ding L. Stagespecific requirement for Mettl3-dependent m (6) A mRNA methylation during haematopoietic stem cell differentiation. Nat Cell Biol. 2019;21:700–9.
35. Huang H, Weng H, Zhou K, Wu T, Zhao BS, Sun M, Chen Z, Deng X, Xiao G,Auer F, et al. Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides m (6) A RNA modification co-transcriptionally. Nature. 2019;567:414–9.
36. Lang F, Singh RK, Pei Y, Zhang S, Sun K, Robertson ES. EBV epitranscriptome reprogramming by METTL14 is critical for viral-associated tumorigenesis.PLoS Pathog. 2019;15:e1007796
37. Warda AS, Kretschmer J, Hackert P, Lenz C, Urlaub H, Hobartner C, Sloan KE, Bohnsack MT. Human METTL16 is a N (6)-methyladenosine (m (6) A)methyltransferase that targets pre-mRNAs and various non-coding RNAs.EMBO Rep. 2017;18:2004–14.
38. Pendleton KE, Chen B, Liu K, Hunter OV, Xie Y, Tu BP, Conrad NK: The U6snRNA m (6) A Methyltransferase METTL16 Regulates SAM Synthetase Intron Retention. Cell 2017, 169:824–835.e814.
39. Horiuchi K, Kawamura T, Iwanari H, Ohashi R, Naito M, Kodama T, Hamakubo T. 2013. Identification of Wilms’ tumor 1-associating protein complex and its role in alternative splicing and the cell cycle. J Biol Chem 288: 33292–33302.
40. Horiuchi K, Umetani M, Minami T, Okayama H, Takada S, Yamamoto M, Aburatani H, Reid PC, Housman DE, Hamakubo T, et al. 2006.Wilms’ tumor 1-associating protein regulates G(2)/M transition through stabilization of cyclin A2 mRNA.Proc Natl Acad Sci 103: 17278–17283.
41. Horiuchi, K. et al. Identification of Wilms’ tumor 1-associating protein complex and its role in alternative splicing and the cell cycle. J. Biol. Chem.288, 33292–33302 (2013).
42. Yue, Y. et al. VIRMA mediates preferential m(6)A mRNA methylation in 3′UTR and near stop codon and associates with alternative polyadenylation.Cell Discov. 4, 10 (2018).
43. Knuckles, P. et al. (2018) Zc3h13/Flacc is required for adenosine methylation by bridging the mRNA-binding factor Rbm15/Spenito to the m6A machinery component Wtap/Fl(2)d. GenesDev. 32, 415–429
44. Jia, G. et al. N6-methyladenosine in nuclear RNA is a major substrate of the obesity- associated FTO.Nat. Chem. Biol. 7, 885–887 (2011).
45. Sommer, S., Lavi, U. & Darnell, J. E. Jr. The absolute frequency of labeled N-6-methyladenosine in HeLa cell messenger RNA decreases with label time. J. Mol.Biol. 124, 487–499 (1978).
46. Darnell, R. B., Ke, S. & Darnell, J. E. Pre- mRNA processing includes N 6 methylation of adenosine residues that are retained in mRNA exons and the fallacy of ‘RNA epigenetics’. RNA 24, 262–267 (2018).
47. Fedeles, B. I., Singh, V., Delaney, J. C., Li, D. & Essigmann, J.M. The AlkB family of Fe(II)/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenases: repairing nucleic acid alkylation damage and beyond. J. Biol. Chem. 290, 20734–20742 (2015).
48. Zhao X, Yang Y, Sun BF, Shi Y, Yang X, Xiao W, Hao YJ, Ping XL, Chen YS,Wang WJ, et al. FTO-dependent demethylation of N6 methyladenosine regulates mRNA splicing and is required for adipogenesis. Cell Res. 2014;24:1403–19.
49. Gerken T, Girard CA, Tung YC, et al. The obesity-associated FTO gene encodes a 2-oxoglutarate-dependent nucleic acid demethylase.Science. 2007;318:1469–72.
50. Jia G, Yang CG, Yang S, et al. Oxidative demethylation of 3-methylthymine and 3-methyluracil in single-stranded DNA and RNA by mouse and human FTO. FEBS Lett. 2008;582:3313–9.
51. Han Z, Niu T, Chang J, et al. Crystal structure of the FTO protein reveals basis for its substrate specificity. Nature.2010;464:1205–9.
52. Gulati P, Yeo GS. The biology of FTO: from nucleic acid demethylase to amino acid sensor. Diabetologia. 2013.
53. Wu R, Liu Y, Yao Y, Zhao Y, Bi Z, Jiang Q, Liu Q, Cai M, Wang F, Wang Y,Wang X. FTO regulates adipogenesis by controlling cell cycle progression via m (6) A-YTHDF2 dependent mechanism. Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids. 1863;2018:1323–30.
54. Shulman, Z., & Stern-Ginossar, N. (2020). The RNA modification N6-methyladenosine as a novel regulator of the immune system. Nature Immunology. doi:10.1038/s41590-020-0650-4
55. Zheng G, Dahl JA, Niu Y, Fedorcsak P, Huang CM, Li CJ,et al. ALKBH5 is a mammalian RNA demethylase that impacts RNA metabolism and mouse fertility. Mol Cell 2013;49:18–29.
56. Thalhammer A, Bencokova Z, Poole R, Loenarz C, Adam J,O’Flaherty L, et al. Human AlkB homologue 5 is a nuclear 2-oxoglutarate dependent oxygenase and a direct target ofhypoxia-inducible factor 1alpha (HIF-1alpha). PLoS One2011;6:e16210.
57. Karkhanis V, Wang L, Tae S, Hu YJ, Imbalzano AN, Sif S.Protein arginine methyltransferase 7 regulates cellular responseto DNA damage by methylating promoter histones H2A and H4of the polymerase delta catalytic subunit gene, POLD1. J BiolChem 2012;287:29801–14.
58. Aik, W., Scotti, J. S., Choi, H., Gong, L., Demetriades, M., Schofield, C. J., & McDonough, M. A. (2014). Structure of human RNA N6-methyladenine demethylase ALKBH5 provides insights into its mechanisms of nucleic acid recognition and demethylation. Nucleic Acids Research, 42(7), 4741–4754. doi:10.1093/nar/gku085
59. Zaccara, S., Ries, R.J. & Jaffrey, S.R. Reading, writing and erasing mRNA methylation. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 608–624 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0168-5
60. Wang, X. et al. N6-methyladenosine modulates messenger RNA translation efficiency. Cell 161,1388–1399 (2015).
61. Du H, Zhao Y, He J, Zhang Y, Xi H, Liu M, Ma J, Wu L. YTHDF2 destabilizes m (6) A-containing RNA through direct recruitment of the CCR4-NOT deadenylase complex. Nat Commun. 2016;7:12626.
62. Shi H, Wang X, Lu Z, Zhao BS, Ma H, Hsu PJ, Liu C, He C. YTHDF3 facilitates translation and decay of N (6)-methyladenosine-modified RNA. Cell Res.2017;27:315–28.
63. Li A, Chen YS, Ping XL, Yang X, Xiao W, Yang Y, Sun HY, Zhu Q, Baidya P, Wang X, et al: Cytoplasmic m (6) A reader YTHDF3 promotes mRNA translation. In Cell Res. Volume 27. England2017: 444–447.
64. Han D, Liu J, Chen C, Dong L, Liu Y, Chang R, Huang X, Wang J, Dougherty U, Bissonnette MB, et al: Author Correction: Anti-tumour immunity controlled through mRNA m (6) A methylation and YTHDF1 in dendritic cells. In Nature. Volume 568. England2019: E3.
65. Lee, Y., Choe, J., Park, O. H., & Kim, Y. K. (2020). Molecular Mechanisms Driving mRNA Degradation by m6A Modification. Trends in Genetics. doi:10.1016/j.tig.2019.12.007
66. Patil DP, Chen CK, Pickering BF, Chow A, Jackson C, Guttman M. Jaffrey SR:m6A RNA methylation promotes XIST-mediated transcriptional repression. Nature. 2016;537:369–73.
67. Wojtas, M. N. et al. Regulation of m6A transcripts by the 3′→ 5′ RNA helicase YTHDC2 is essential for a successful meiotic program in the mammalian germline. Mol. Cell 68, 374–387.e12 (2017).
68. Bailey, A. S. et al. The conserved RNA helicase YTHDC2 regulates the transition from proliferation to differentiation in the germline. Elife 6,26116 (2017).
69. Edupuganti, R. R. et al. N(6)-methyladenosine (m(6)A) recruits and repels proteins to regulate mRNA homeostasis. Nat. Struct. Mol. Biol. 24, 870–878(2017).
70. Yang C, Zhang Y, Du W, Cheng H, Li C. Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G promotes human colorectal cancer. Am J Transl Res.2019;11:612–23.
71. Lee AS, Kranzusch PJ, Doudna JA, Cate JH. eIF3d is an mRNA cap-binding protein that is required for specialized translation initiation. Nature. 2016; 536:96–9.
72. Chen HH, Yu HI, Yang MH, Tarn WY. DDX3 Activates CBC-eIF3-Mediated Translation of uORF-Containing Oncogenic mRNAs to Promote Metastasis in HNSCC. Cancer Res. 2018;78:4512–23.